このサイトについて
Sagaceは主に創薬・疾患研究のための生命科学分野のデータベースの横断検索サービスであり、国内のデータベースを検索対象としています。NBDC（バイオサイエンスデータベースセンター）との連携を通じて、医薬基盤・健康・栄養研究所によって構築・運用されています。 医薬基盤・健康・栄養研究所は、生物資源部門およびバイオインフォマティクス研究グループを有するとともに、Open TG-GATEsなど幾つかのデータベースの開発・公開を行っており、医学／生命科学関連データベース統合の中心的役割を果たしている機関の一つです。
- 文献：Morita M: Sagace: A web-based search engine for biomedical databases in Japan. BMC Research Notes, 2012(5): 604.
- チュートリアル
- 解説動画
Sagaceの特徴
Sagace（サガス;フランス語で「鋭い、的確な」）は主に創薬・疾患研究のための生命科学分野のデータベースの横断検索サービスです。Web上で公開されている多くの医学／生命科学関連データベースについて、一度に全文検索を実行してデータを探すことができます。対象としているデータベースはこちらから参照できます（基本的に国内のものになります）。また、詳細な検索オプションについてはこちらをご覧下さい。 Sagaceが想定しているユーザーは、創薬・疾患研究に携わり、国内の幅広いデータベースから有用な情報を得たいと考えている研究者です。
Sagaceには次のような特徴があります:
- 1.医学／生命科学に特化したデータベースの選定と分類
Sagaceでは、NBDCと共同で作られたデータベースの一覧を元に、医薬基盤・健康・栄養研究所のプロジェクトメンバー（下記参照）が医学／生命科学関連データベースを選定・分類し、有用な情報が検索結果の上位に現れるように工夫をしています。
- 2.ファセットを用いた効率的な絞り込み
検索キーワードによっては検索結果が膨大な量になり、そこからユーザーが求めているものを選び出すことが難しくなることがあります。そうした場合には、検索結果の左側にあるデータベース分類項目をクリックすることで、検索結果を絞り込むことができます。複数の項目を組み合わせることで、効率的な絞り込みが可能です。
- 3.メタデータの利用による検索結果の可読性の向上
データベースのエントリーを対象とした検索サービスでは、検索結果から充分な情報を得ることが難しいことがあります。これは、データベースの各エントリーに説明が書かれていないことや、各エントリーから自動的に重要なデータを抜き出すことが難しいことなどに起因します。そこでSagaceでは、データベース公開者が各エントリーにメタデータ（エントリーIDや生物種、データベース名など）をmicrodata形式で付与している場合にはそれを利用し、検索結果の説明文に整形して表示をします。また、このメタデータをクリックすることで特定のデータベースや生物種で検索結果を絞り込むこともできます。
データベース公開者の方は、詳しくはこちらをご覧下さい。
プロジェクトメンバー
Sagaceは医薬基盤・健康・栄養研究所に所属する下記のプロジェクトメンバーによって開発されています:
- 水口 賢司（バイオインフォマティクスプロジェクト）
- 森田 瑞樹（バイオインフォマティクスプロジェクト）
- 伊藤 真和吏（バイオインフォマティクスプロジェクト）(H24-H27)
- 五十嵐 芳暢（トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト）
- 坂手 龍一（難病資源研究室）
- 長尾 知生子（バイオインフォマティクスプロジェクト）
- 陳 怡安（バイオインフォマティクスプロジェクト）
- 樋口 千洋（バイオインフォマティクスプロジェクト）
- 深川 明子（バイオインフォマティクスプロジェクト）
- 増井 徹（慶應義塾大学 医学部）
FAQ
Q1. Sagaceとは何ですか?
A1. Sagaceは国内の生命科学データベースを対象とした検索サイトです。Sagaceとはフランス語で「鋭い、的確な」という意味で、英語だとSagaciousになります。
Q2. Sagaceでは何ができますか?
A2. Sagaceでは、国内の生命科学データベースに所蔵されているデータをまとめて検索することができます。検索対象となっているデータベースはこちらから参照することができます。
Q3. Sagaceはどのようなユーザーを対象としていますか?
A3. Sagaceは、所属を問わず主に創薬や疾患研究に携わっている研究者を対象としています。
Q4. Sagaceを作っているのは誰ですか?
A4. Sagaceは医薬基盤・健康・栄養研究所のプロジェクトメンバーによって構築・運用されています。上記のプロジェクトメンバーを参照して下さい。
免責事項
当ホームページの掲載情報の正確性については万全を期しておりますが、医薬基盤・健康・栄養研究所は利用者が当ホームページの情報を用いて行う一切の行為について、何ら責任を負うものではありません。
検索対象となっている各データベースの使用にあたっては、各データベースの指示に従って下さい。
謝辞
このプロジェクトはNBDCとの共同研究によって支援されています（共同研究題目「医薬基盤研究所データベースの統合化と外部連携」2011年9月~2014年3月、「医薬基盤研究所内外のデータベース統合技術の開発と外部連携」2014年4月~2015年3月）。また、検索クエリの同義語展開のためにライフサイエンス辞書（LSD）を、生物種の画像としてライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）で開発された「生物アイコン」を利用しています（生物アイコン © ライフサイエンス統合データベースセンター licensed under CC表示2.1 日本）。
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