記入式の質問でいただいた回答です。
Q11. Sagaceでは検索対象となるデータベースの増強をしたいと考えています。
検索対象として欲しいデータベースがありましたら、教えてください。
| 特にない | 4 |
| 医薬品 | 2 |
| 論文 | 2 |
| ミューテーションなどの情報。例えば、クロマチンであればHistone Hits
(http://54.235.254.95/histonehits/)というミュータント情報サイトなどがあります。 |
2 |
| 糖タンパク | 1 |
| J-Stageの英語論文 | 1 |
| メディカルオンライン | 1 |
| プロテオームのデータ | 1 |
| タンパク質相互作用 | 1 |
| 検索の絞り込み機能の方が重要 | 1 |
| 昆虫に関するデータベース | 1 |
| アセチル化やメチル化など、DNA、タンパク質の化学修飾などの情報 | 1 |
| annotation of function | 1 |
| 天然物化学的な生体物質 | 1 |
| 天然変性タンパク質関連データ | 1 |
| 医中誌 | 1 |
| JGrobal http://jglobal.jst.go.jp/CiNii http://ci.nii.ac.jp/ | 1 |
| カルシウムシグナルに関するデータベース | 1 |
| 思いつくデータベースはほとんどある | 1 |
| 犬猫など伴侶動物医療関連 | 1 |
| Plant Genome Database Japan http://pgdbj.jp/ | 1 |
| データ解析手法に関するドキュメント | 1 |
| 研究費（KAKEN） | 1 |
| brassicaやtomato等植物系のデータベースを強化してもらえると嬉しいです。 | 1 |
| 今思いつかない | 1 |
| medline plusとか | 1 |
| ncbiのいろいろ | 1 |
| 統計関係だけを検索できる（フィルターできる） | 1 |
| 現段階では申し上げられません | 1 |
| ジェネリック医薬品に関する調査ＤＢ | 1 |
| PuBmed | 1 |
| 細胞の培養プロトコル | 1 |
| string | 1 |
| http://www.rcsb.org/pdb/home/home.dohttp://actor.epa.gov/actor/faces/ToxCastDB/Home.jsp;
jsessionid=25C97B71314A569DAFF8747B5C8A75D6 |
1 |
| 様々な学会の要旨集 | 1 |
| 研究者のデータべース | 1 |
| 文献（NARなど）で紹介されたデータベースのトップページが出てくると良いです。たとえばDARNEDなどはどうやれば検索結果に出てくるのでしょうか。 | 1 |
| 国内のものに限らず、海外の主要なデータベースも対象になっていなければ使えない。シロイヌナズナであればTAIRなど。また、幅広い対象情報を検索したい場合はgoogleの方がはるかに早く有用な情報を探せる。 | 1 |
| 共生菌ゲノムの情報 | 1 |
| タンパク質の局在のデータベースなど | 1 |
| 抗体 | 1 |
| reviewのような一般的な情報が上位にくるとありがたいです。 | 1 |
| Uniparental Disomy症候群のリスト、原因領域、原因遺伝子など | 1 |
| KO mouseの探索を充実させて頂きたいです。KOMPなどの情報も反映して頂きたいです。 | 1 |
| 次世代シーケンス解析データベース結晶構造解析データベース | 1 |
| 医薬系法令 | 1 |
| 「新学術領域研究」と調べたら、ヒット数がゼロでした。大型研究予算の内訳/現状等について調べられないのが残念。 | 1 |
| 疾患モデル動物のリソースデータベース等（例：http://www.shigen.nig.ac.jp/animal/disease.html） | 1 |
| GEOやArrayExpressのような寄託された実験結果のデータがあると嬉しい。 | 1 |
| CiNii厚生労働科学研究成果データベース | 1 |
| 新規薬剤の開発状況に関するデータベース | 1 |
| マイクロRNA | 1 |
| LRP ratと入れたらチンプンカンプンな結果が…DBを広げるより検索エンジンのパーサーがアホな感じです。そもそも1語で検索すべきだったか。 | 1 |
| WetとDryの整合性に特化した情報検索 | 1 |
| 特許情報の充実 | 1 |
| FloxマウスとCreマウスのデータベース | 1 |
| oryzabase http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabaseV4/ も検索対象にしていただければ幸いです。 | 1 |
| 化合物、iHOPのような文節、連語を含めた文献本文検索 | 1 |
| 元理研のスタッフですが、「データベース一覧」に登録されている理研のDB数が非常に少ないです。幅広い分野のユーザーを獲得するためにはこれらのDBの統合も視野に入れた方がよいと考えます。 | 1 |
| OMIMとかUniProtとかそういうメジャーなデータベースが上に来るべき。 | 1 |
| 生物種、タンパク質、遺伝子の進化系統 | 1 |
| RefSeq, UniProt | 1 |
| 薬剤とタンパク質の相互作用データベース | 1 |
| むしろ多すぎて邪魔。一般向けから専門向けまで全部いっしょくたなので、恐ろしく検索効率が悪い。 | 1 |
| OMIMHGMD | 1 |
| 蛋白質科学会アーカイブ、PDB、BMRB | 1 |
| タンパク質のネットワーク、アミロイド病 | 1 |
| 現在検索対象となっているDBの一覧にアクセスできませんでしたhttps://sagace.nibiohn.go.jp/cgi-bin/dbViewer.cgiしかしGeMDBJが対象外になっているように思いますので、検索対象に加えていただければと思います。 | 1 |
| スプライシングに関係するデータベース | 1 |
| 開発の視点ですと，もう少し臨床寄りのDBがあると良いかもしれません．中医協の記録や臨床試験のDB，副作用情報，添付文書情報などがあると思います．ただ，臨床を入れると一つの検索精度が落ちてしまうかもしれません | 1 |
| copy number variation(CNV)、CNV regionをまとめた、特に日本人を対象にしたデータベース | 1 |
| 国内だけでなく、海外のメジャーデータベースもオプションで検索できるようにするほうが、利用者も増えてよいのでは | 1 |
| ENCODE | 1 |
| 基本的な生化学分子 | 1 |
| PDBなどの既存の充実したデータベース | 1 |
| エピゲノム系のデータベース | 1 |
| 検索に、”一般的なもの〜医学等の専門のニュースやトピックス”も加えて下さい。関連する語句も、できるだけ拾ってほしいですが、あまりに出てくるDATA料が膨大であると、ページをめくるのが煩わしくなってきます。タイトルだけの表示や、今の様に、タイトルだけではなく、少し中身が見える様な表示の仕方とを選択できる様にしていただけると、検索が楽になるかと思います。 | 1 |
| ある病気の患者さんで組織Xでの遺伝子発現がどうなっているかなど知りたい（例えば、糖尿病の患者さんの膵臓で遺伝子の発現が健常者と比較してどのようになっているかなど。個体差や人種差もあると思うので、それぞれもととなったサンプルの情報も知りたい）。ある組織において発現している遺伝子の情報がほしい（例えば、肝臓で発現している遺伝子の情報など） | 1 |
| エピゲノム系のデータベース | 1 |
| 検索に、”一般的なもの〜医学等の専門のニュースやトピックス”も加えて下さい。関連する語句も、できるだけ拾ってほしいですが、あまりに出てくるDATA料が膨大であると、ページをめくるのが煩わしくなってきます。タイトルだけの表示や、今の様に、タイトルだけではなく、少し中身が見える様な表示の仕方とを選択できる様にしていただけると、検索が楽になるかと思います。 | 1 |
| ある病気の患者さんで組織Xでの遺伝子発現がどうなっているかなど知りたい（例えば、糖尿病の患者さんの膵臓で遺伝子の発現が健常者と比較してどのようになっているかなど。個体差や人種差もあると思うので、それぞれもととなったサンプルの情報も知りたい）。ある組織において発現している遺伝子の情報がほしい（例えば、肝臓で発現している遺伝子の情報など） | 1 |
Q18. どういった情報がリッチスニペットとして得られると良いと思われますか。 （例：病名、文献のID、細胞の画像、データ作成日、データ作成者の名前）
| 病名,疾患名 | 35 |
| 文献のID | 32 |
| データ作成日 | 32 |
| データ作成者の名前 | 14 |
| データ更新日 | 12 |
| 画像 | 11 |
| 細胞の画像（免疫染色像も含む） | 7 |
| 文献情報(著者名と発表年月など) | 6 |
| 文献のPMID | 5 |
| 遺伝子名 | 3 |
| 化合物名 | 3 |
| データ作成者の機関名、組織名 | 3 |
| 薬剤名 | 2 |
| 著者， | 2 |
| 組織画像 | 2 |
| HEK293などの細胞種、薬剤であれば各試薬会社の試薬番号IDとかが記載されていると、すぐ注文できたりして嬉しいかと思います。 | 2 |
| 項目は直感的に理解できる方が良いので、今の状態で悪くない。ただ、「データベース分類」は、おそらくデータベースが対象とする内容で分けていると思うが、絞り込みと同様で、対象にヒトが入っているデータベースの意なのか、検索結果のレコードがヒトの何かなのか、区別が容易でない。 | 1 |
| 阻害剤 | 1 |
| 関連疾患等 | 1 |
| 関連疾患名 | 1 |
| 関連文献数とそ一覧表へのリンク(例TargetMine) | 1 |
| 関連技術、応用分野 | 1 |
| 関連度 （クエリの単語がどの程度出現・共起するか・トピックである確率など） | 1 |
| 関連している研究領域 | 1 |
| 関連しているものへのハイライトなどがあるといいです | 1 |
| 関連キーワード | 1 |
| 配列データ | 1 |
| 遺伝子発現部位の画像など | 1 |
| 遺伝子名のシノニム名(新旧含めて)と対応するグローバルなID | 1 |
| 遺伝子名、正式名称、遺伝子IDなど、検索結果が目的の遺伝子のものか一目で分かると良いと思います。 | 1 |
| 遺伝子の機能、関連する病名 | 1 |
| 論文の出版日 | 1 |
| 論文などの画像 | 1 |
| 論文 | 1 |
| 試薬などのリンク | 1 |
| 計測方法 | 1 |
| 解析方法など | 1 |
| 蛋白質のファミリー名、類似蛋白質の情報（SCOPに種類分けなど） | 1 |
| 菌種名 | 1 |
| 臓器（疾患大分類） | 1 |
| 総説かどうか、 | 1 |
| 細胞名 | 1 |
| 研究に使用された薬品 | 1 |
| 相互作用ネットワーク | 1 |
| 目的が創薬・疾患研究ということですので、疾患に関するキーワードも入れた方が臨床の人が利用しやすいのではないでしょうか。 | 1 |
| 登録日など | 1 |
| 発信された年月日、 | 1 |
| 病気の症状 | 1 |
| 病気の原因タンパク質名との関連 | 1 |
| 病名と病名の俗称 | 1 |
| 疾患名文献へのリンク | 1 |
| 疾患の症状 | 1 |
| 疾患との関係性 | 1 |
| 画像中心 | 1 |
| 画像サムネイル | 1 |
| 生物種 | 1 |
| 生物の大まかな分類群。いまは大まかすぎるので、もう少し細かく。 | 1 |
| 特に思い付かなかったのですが、例にあげられている「細胞の画像」は良いと思います。そこから連想で、画像系の検索等ができると、PC経由の情報を使う上で非常に有用であり、かつ他のデータベースには無い特徴になると思います。 | 1 |
| 特になし． | 1 |
| 物質名 | 1 |
| 活性剤 | 1 |
| 機能 | 1 |
| 検索している言葉の近くにある言葉で、共通性の低いバラつきの多い言葉を表示してくれると、絞り込みの効果が著しく高くなる。 | 1 |
| 更新履歴 | 1 |
| 既知パスウェイ | 1 |
| 文献名 | 1 |
| 文献へのリンク | 1 |
| 文献の主題、研究目的のキーワードなど(XXXという細胞名で検索→刺激応答に関する文献がHit→「刺激応答」がリッチスニペットとして挙がる、のように) | 1 |
| 文献のキーワード | 1 |
| 文献でも、PMCやOAなどのフリーのもの、あるいは、できれば、研究所のIPが出版社に登録されていてフリーで読めるようになっているサイトを自分たちで登録できるとすごく便利。 | 1 |
| 文献であれば出版年や出版社 | 1 |
| 文献であればFigへのリンクなど | 1 |
| 掲載サイトのトップレベルドメイン名 | 1 |
| 抗体の有無 | 1 |
| 情報がアップされた日付（年月） | 1 |
| 引用数 | 1 |
| 左にあるファセットとは独立のもので、DBを説明するキーワードがいいのかも。 | 1 |
| 少なくとも左側のリストにでているもの以外（重複させることにメリットが全くない） | 1 |
| 対象物の階層（たんぱく、RNA, DNAなど）、データの種類（DNA配列か画像か、videoか）、カタログかプロトコルかなど | 1 |
| 対象文献の中に含まれている遺伝子名やタンパク質名。 | 1 |
| 実験技術の名前(なんとか-seqなど) | 1 |
| 実験器具の名前 | 1 |
| 学名 | 1 |
| 学会抄録 | 1 |
| 図・表など。 | 1 |
| 同じ項目を検索した人がみたリンク先。amazonやrakutenでよく使われている手法かと思います。 | 1 |
| 可読性は向上していない。不要。 | 1 |
| 医学 | 1 |
| 動画 | 1 |
| 分野によるので答えにくい。 | 1 |
| 分子名 | 1 |
| 分子のID | 1 |
| 分子（化合物等のID） | 1 |
| 分からない。 | 1 |
| 信頼性関連データ | 1 |
| 人種 | 1 |
| 上記のもので問題ないと思います。 | 1 |
| 一般向けの用語解説のページ（Wikipediaなど） | 1 |
| わかりません | 1 |
| レビュー文献か、無ければ最新の文献へのリンク | 1 |
| リンクの接続速度が速いのでしたら、詳細を加えなくても良いですが・・・。クリックまたは、カーソルを当てると、詳しい内容が出てくる様にされてはいかがでしょうか？ | 1 |
| リッチスニペットの中で、実際のURI表示(この場合はhttp//animal.nibio.go.jp)でリンクが開けるのかと思って試したましたが開かずに戸惑いました。 | 1 |
| ページ中に表示されている画像 | 1 |
| ページのアクセス回数 | 1 |
| プロジェクト名 | 1 |
| ヒットした項目名が省略されている場合のフルネーム | 1 |
| パスウェイ | 1 |
| どういった実験のデータなのか、という情報 | 1 |
| データ作成年 | 1 |
| データを作成した人の氏名 | 1 |
| データベース自体の作成日 | 1 |
| データベースの内容、作られた目的 | 1 |
| データの発信源（国、場所、研究所、大学、企業など） | 1 |
| データのエビデンス | 1 |
| タンパク質の構造データ（PDBコード）元論文名など | 1 |
| タンパク質の局在の画像 | 1 |
| そのデータを用いて行われた研究の数 | 1 |
| そのデータを使用した関連論文数 | 1 |
| サイトの評判とか | 1 |
| これで良い | 1 |
| ゲノム情報の有無 | 1 |
| オントロジー | 1 |
| ウイルスはリッチスニペットに存在しないのでしょうか。微生物もカテゴリーが大きすぎると思います。菌類と細菌の様に分けてほしいです。マウスは独立したリッチスニペットがあると良いです。 | 1 |
| いまのところアイディアはありません． | 1 |
| いつアップデートされたものか。信頼性の指標みたいなのがあると良い。 | 1 |
| Webページ更新日 | 1 |
| SwissProtのアクセションNo． | 1 |
| RNA・タンパク質の発現時期 | 1 |
| NGSを利用していれば解析の種類 | 1 |
| miRNAなどの特定の生物学的機能の名前など | 1 |
| DB情報 | 1 |
| CT画像 | 1 |
| CAS番号 | 1 |
| ATCCなどの主要な海外のデータベース | 1 |
| 1日平均アクセス数 | 1 |
| 「リッチスニペット」の意味がわからず、このような一般向けのできるだけ短時間で答えさせるアンケートとしては不親切。検索に使えるデータの種類のことか？もしそうなら、raw dataが提供されているのか、報告書等の文献なのか、の区別が欲しい。Webからdownloadできるraw dataだけを探したい場合があるので。 | 1 |
